일선에서 활약하는 프로 히어로들은 호크스와 공안이 비밀리에 입수한 정보-빌런들의 궐기-에 대항하기 위해, 전력상의 보험으로서 유에이 학생들의 실력 향상을 꾀한다.
이런 사정을 모른 채로, 엔데버 기획사에 인턴으로 들어간 미도리야, 바쿠고, 토도로키.
No.1 히어로인 엔데버 밑에서 햇병아리 히어로 세 사람이 눈부신 성장을 보이는 가운데, 우연히 토도로키 집안의 복잡한 가정사에도 말려들게 되는데---.