Prologue : Arc et Lyre - Duo de la Vie 11

Partie 1 : Quand les microbes rencontrèrent Platon

1.
Mitochondries : icônes de la symbiose 21
1) Même une abeille coupée pique
2) Quelle est la plus petite unité de vie qui ne peut être divisée davantage ?
3) Les mitochondries, autrefois c'étaient des bactéries !
4) Symbiose, séparés et pourtant unis

2.
Vie dessinée par Misaeng 36
1) D'une rencontre fatidique à une symbiose fatidique
2) Les mitochondries plutôt que les noyaux
3) Les herbiers marins sont un paradis microbien
4) La durée de vie minimale des micro-organismes
5) La Reine Rouge contre la Reine Noire

3.
Compétition ou symbiose ? 50
1) Pionnier dans l'éradication des microbes : Pasteur
2) L'affinité de la féminité et de la symbiose : Lynn Margulis
3) Agon : La guerre est le roi de toutes choses.
4) Un monde qui ne se souvient que du numéro un
5) Les organismes multicellulaires doivent se regrouper pour survivre.

4.
Immunité, Royaume du Chaos 72
1) Qui suis-je ?
2) Immunité : Exclure les étrangers
3) L’autorité ultime en matière d’auto-identification réside-t-elle dans l’esprit ou dans le corps ?
4) Il y a tellement de moi en moi
5) Le paradoxe de l'immunité : la surprotection détruit le soi

5.
Virus et Art 89
1) Est-ce une œuvre d'art ou un déchet ?
2) L'art est un virus
3) Qui est l’hôte du « virus de l’art » ?
4) La sphère publique individuelle : Hannah Arendt
5) Un art qui transcende l'intérieur et l'extérieur de la ville

6.
Mimétisme moderne : les limites de la théorie de Dawkins 108
1) La splendide renaissance de l'imitation
2) L'imitation précède le désir : René Girard
3) Les gènes culturels « mèmes » : Richard Dawkins
4) Réplication, imitation, parasitisme
5) Ce que Dawkins a manqué
6) Transmission des gènes et transmission des pensées

7.
De la mémoire corporelle à la mémoire cosmique 140
1) Déesse contre Cerveau : Qui est le Maître de la Mémoire ?
2) Carpe diem vs. memento mori
3) La détermination sans faille des bactéries
4) « La mémoire me voit »
5) Supports de mémoire de l'univers
6) L’imagination est le visage à double visage de la mémoire.

Partie 2 : Entre animaux et humains, sciences naturelles et sciences humaines

8.
Différences entre les animaux et les humains 167
1) Animalité et humanité
2) Topographie du discours animal
3) Quelle est la différence entre les chimpanzés et les humains ?
4) Le piège de l'anthropocentrisme
5) Des microbes anciens se réveillent dans l'Arctique
6) S’agit-il d’une différence d’essence ou d’une différence de degré ?

9.
Pierre, Lézard, Humain 188
1) La meilleure méthode de Pascal
2) Un lézard se prélassant au soleil sur un rocher
3) Des choses que seuls les humains possèdent et que les animaux n'ont pas
4) Sens simple des tiques

10.
Entre vie sacrée et monstres 203
1) Le monde vivant contre le monde professionnel
2) La vie sacrée : l'histoire de Job
3) La liberté ou la mort !
4) Personnes exclues de la liste des vivants
5) Zoé et Bios : Giorgio Agamben
6) Rien n'est plus terrifiant que les humains.

11.
La philosophie à l'ère de la science 226
1) « Il s’agit d’une question de philosophie, et non de science. »
2) Existe-t-il une limite d'âge pour philosopher ?
3) Un scientifique devenu philosophe : Carl Woods
4) Trois choses que nous avons perdues
5) Île de la perception

12.
Le secret de la vie 241
1) La Trinité de la Vie : Vérité, Liberté, Amour
2) « Pourquoi m’aimes-tu ? »
3) « Pourquoi devrions-nous respecter la vie ? »
4) Homo melancholicus
5) La douleur des survivants

Épilogue : Derniers mots 257

Semaine 265

Quand la biologie rencontre la philosophie

Ce livre est le fruit d'une rencontre entre biologistes et philosophes, entre sciences naturelles et sciences humaines.
Les protagonistes de cette rencontre sont le biologiste Kim Eung-bin (Département de biologie, Université Yonsei), qui a été à l'avant-garde de la « popularisation » des micro-organismes à travers des œuvres telles que « Je vis avec les micro-organismes », et le philosophe Kim Dong-gyu (Département de philosophie, Université Yonsei), qui a exploré l'identité « mélancolique » de la culture occidentale à travers des œuvres telles que « L'esthétique de la mélancolie » et « Mélancolie ».
La conférence populaire [L'Arc et la Lyre], que deux personnes ayant suivi des parcours universitaires complètement différents donnent ensemble à l'Université Yonsei depuis 2012, est devenue la base de ce livre.
Les auteurs ont écrit ce livre pour élargir la réflexion grâce à « l'harmonie passionnante entre deux disciplines disparates » et pour transmettre la sagesse de la « coexistence » aux personnes modernes qui luttent pour survivre dans une ère de concurrence sans limites.


Bien que le terme « convergence interdisciplinaire » ou « intégration » des sciences naturelles et des sciences humaines soit évoqué et populaire depuis un certain temps, il est difficile de trouver un précédent d'un biologiste et d'un philosophe co-écrivant un livre (à l'exception du « Dialogue » de Do Jeong-il et Choi Jae-cheon, qui est le compte rendu d'une conversation).
Cela a été possible grâce à notre longue expérience d'animation conjointe de cours, ainsi qu'à nos conversations intimes et à nos discussions approfondies.


Alors pourquoi la biologie et la philosophie devraient-elles se rencontrer ? L'ère moderne est l'ère de la science.
Parmi celles-ci, la biologie, qui a fait des progrès rapides grâce à des technologies telles que la biologie synthétique et les ciseaux génétiques CRISPR, en est arrivée à transformer non seulement la nature, mais aussi les êtres humains, sujets de la connaissance scientifique naturelle.
Étant donné l'influence profonde que la biologie exerce sur la société et la civilisation, un fondement philosophique permettant d'envisager l'avenir de la nature et de l'humanité devient indispensable.
De plus, la philosophie, réduite à une antiquité académique, doit réfléchir à son incapacité à spéculer, se reposant uniquement sur les commentaires classiques, et se revitaliser en se connectant au domaine de la connaissance le plus dynamique de notre époque.

Dans cet ouvrage, biologistes et philosophes ne se contentent pas de se rencontrer, mais évoluent vers une fusion qui brouille les frontières entre les deux disciplines.
À ce point de convergence, les deux personnes finissent par parler de la vie, qui englobe à la fois les humains et la nature, et de l'amour, source de cette vie.


Symbiose et compétition : la sagesse de la biologie

Ce livre explore un large éventail de sujets en biologie, de la symbiose des micro-organismes invisibles à l'immunité et au mimétisme, en passant par l'animalité et l'humanité.
À cette fin, des biologistes modernes et contemporains, de Darwin et Pasteur à Lynn Margulis, Richard Dawkins et Carl Woods, sont convoqués en biologie, et les voix de penseurs tels que Platon, Heidegger, Hannah Arendt, René Girard et Giorgio Agamben sont ajoutées en philosophie, créant une résonance plus riche.


Le concept clé abordé dans ce livre est la « symbiose ».
Le point où nous, les humains, sommes inférieurs aux micro-organismes, c'est-à-dire la valeur fondamentale que nous devons apprendre des micro-organismes, se trouve précisément dans cette « symbiose ».

Mais quand on parle de micro-organismes, on les considère encore comme des micro-organismes insignifiants.
Cela reste vrai même s'il n'existe que quelques micro-organismes nuisibles à l'homme, comme les agents pathogènes, et qu'il existe beaucoup plus de micro-organismes bénéfiques, comme les bactéries lactiques.
Ce préjugé a été largement influencé par Louis Pasteur, pionnier de la recherche microbiologique.
En qualifiant les bactéries de « pathogènes », Pasteur voulait se faire le pourfendeur des micro-organismes.
Après Pasteur, hostile aux agents pathogènes, nombre de ses disciples considéraient toute la nature, y compris les micro-organismes, comme des objets de conquête et la lutte darwinienne pour la survie comme le principe fondamental de l'évolution.


Cependant, avec la découverte de l'ADN mitochondrial au XXe siècle, la théorie de la « symbiose » a émergé.
Les mitochondries sont l'une des plus petites unités de vie, des organites présents dans les cellules, et possèdent leur propre ADN, différent de celui du noyau.
L'ADN mitochondrial ressemble plutôt à l'ADN des bactéries, qui sont des procaryotes dépourvus de noyau.
En se basant sur ces caractéristiques des mitochondries, la biologiste Lynn Margulis propose la « théorie de l'endosymbiose ».
La légende raconte qu'il y a très longtemps, lorsque seules des bactéries vivaient sur Terre, les grandes bactéries mangeaient les petites bactéries, et que les proies survivaient par hasard à l'intérieur du prédateur. Après une longue période, elles ont appris à coexister, ce qui a jeté les bases de l'évolution des cellules procaryotes comme les bactéries en cellules eucaryotes.
Les mitochondries sont également appelées les « souverains cachés de l'évolution » car elles sont à l'origine des cellules eucaryotes.


Une nouvelle théorie de l'évolution, issue de cette théorie de la symbiose intracellulaire, est la « théorie de la symbiogenèse ».
La symbiose, contrairement à la plupart des théories de l'évolution qui expliquent l'évolution uniquement par la compétition hostile et les mutations génétiques, explique l'émergence de nouvelles espèces par le processus de symbiose.
Cependant, la théorie de la symbiose de Margulis a d'abord été catégoriquement rejetée par la communauté universitaire.
L'article a été rejeté quinze fois.
Elle a subi cette discrimination parce qu'elle était une femme scientifique et, en même temps, parce qu'elle défendait la théorie non conventionnelle de la symbiose.


De la Reine Rouge à la Reine Noire

L'hypothèse de la « Reine Rouge » est une théorie évolutionniste représentative qui met l'accent sur la compétition hostile.
Cette hypothèse, avancée par le biologiste évolutionniste américain Ben Baylon, stipule que les organismes qui ne peuvent plus évoluer en réponse aux changements constants (évolution) de leurs concurrents finiront par être éliminés.
On raconte que ce nom est venu à l'esprit après avoir vu la scène d'« Alice de l'autre côté du miroir » où le personnage principal, Alice, court sans cesse sous un arbre avec la Reine Rouge.
La Reine Rouge, qui règne sur le Pays du Miroir, parle à Alice, qui est essoufflée.
« Si je continue à courir comme ça, je peux rester au même endroit. »
« Si tu veux aller quelque part, tu dois courir plus vite. » En réalité, il faut courir sans cesse simplement pour rester.
Cela ne diffère en rien de la manière dont les individus modernes doivent constamment se perfectionner pour survivre dans cette compétition sans fin.


Cependant, l'« hypothèse de la Reine Noire » a récemment émergé, qui met l'accent sur la dépendance réciproque entre les organismes vivants.
Le nom de cette hypothèse provient du jeu de cartes « Cœur (♥) ».
Dans ce jeu de cartes, où les cartes sont distribuées selon certaines règles, les scores ne sont comptabilisés qu'avec toutes les cartes de cœur et les cartes dame de pique (♠) et dame de pique (Q) parmi les cartes en main à la fin.
Chaque carte de cœur vaut 1 point, la dame de pique vaut 13 points, et le classement est déterminé par le score total le plus bas.
Si vous avez la Dame de Pique (Dame Noire), vous êtes en dernière position ; donc si vous voulez gagner la partie, vous devez placer la Dame Noire au centre.


L'idée centrale de l'« hypothèse de la Reine Noire » est que les micro-organismes coexistent en libérant certains de leurs produits métaboliques sous forme de biens publics.
C'est comme un repas-partagé où chacun apporte un plat et mange ensemble.
Contrairement à l'« hypothèse de la Reine Rouge », l'« hypothèse de la Reine Noire » met l'accent sur le rôle de la coopération ou de la symbiose plutôt que sur la compétition dans l'évolution des organismes vivants.


Le paradoxe de l'immunité

D'un point de vue biologique, l'immunité est un dispositif d'auto-identification et un système d'auto-protection permettant à une communauté de cellules de maintenir son individualité.
Cependant, il est difficile pour les êtres vivants de faire la distinction entre eux-mêmes et le non-soi.
Ceci est prouvé par les maladies « auto-immunes » qui surviennent lorsque le corps se confond avec le non-soi.
Les maladies auto-immunes touchent tous les organes.
L'uvéite oculaire, la sclérose en plaques cérébrale, la colite ulcéreuse et la polyarthrite rhumatoïde sont toutes des exemples de telles maladies.
Il existe cependant aussi son contraire : la « tolérance immunitaire ».
La tolérance immunitaire est le phénomène qui consiste à considérer avec tolérance le non-soi comme faisant partie du soi, et un exemple représentatif est celui du fœtus qui se développe dans le corps d'une femme.
Étant donné que le fœtus ne possède que la moitié des gènes de sa mère, le système immunitaire de cette dernière devrait le reconnaître comme étranger, mais il ne le fait pas.
De plus, bien que le système immunitaire soit concentré dans les organes digestifs, exposés à de nombreuses substances étrangères, notre corps tolère ces micro-organismes intestinaux.


C’est pourquoi il est difficile de considérer l’immunité comme un simple système d’autodéfense.
L'excès d'autoprotection n'est qu'un signe de faiblesse.
Les environnements artificiels, comme les conditions stériles, peuvent en réalité être néfastes pour la santé.
La coexistence avec les autres est essentielle, même si cela implique de se protéger soi-même.


L'art est-il un virus ?

Les auteurs utilisent des métaphores biologiques pour expliquer la nature difficile à définir de l'art.
Il s'agit de l'idée que « l'art est un virus ».
Il est intéressant de voir une approche biologique de l'art, qui met de côté tous les concepts esthétiques.
Tout comme l’art est une énigme difficile à expliquer aux humanistes, les virus sont « le code insoluble de la nature » (p. 92) pour les naturalistes.
La façon dont les virus existent à la frontière entre le vivant et le non-vivant est tout à fait bizarre.
Mais, chose étrange, les caractéristiques de ce virus sont très similaires à la manière dont l'art existe.


Le « virus de l’art » dont parlent les auteurs possède, avant tout, un fort « pouvoir contagieux ».
L'art contamine facilement ceux qui le découvrent, se propage rapidement et se transmet à travers l'histoire.
La raison pour laquelle Platon craignait l'art et se méfiait de lui résidait précisément dans sa forte contagiosité.


Les virus artistiques survivent en «parasitant» leurs hôtes.
Sans l'hôte qui insuffle la vie à l'œuvre, c'est-à-dire sans les humains, l'œuvre d'art n'est rien de plus qu'un objet mort.
L'art ne peut exister sans les êtres humains qui comprennent, se souviennent et préservent l'œuvre.
Cependant, ce virus artistique parasite les humains qu'il infecte tout en les « transformant ».
Au contact d'une œuvre d'art, le spectateur subit une transformation personnelle grâce au mélange d'informations et de perspectives issues de mondes totalement différents, et acquiert la capacité de s'adapter à un monde inconnu.


L'art public est le lieu où les caractéristiques de ce virus artistique sont clairement démontrées.
C’est dans le caractère public de l’art que se réalise l’immortalité humaine.
Parce que là, on peut dépasser les limites individuelles.
« De même que les virus, qui vivent à la frontière entre la vie et la mort, sont proches de l’immortalité » (pp. 104-5), on peut dire que l’art aussi est proche de l’immortalité grâce à sa manière unique d’exister, tant que son hôte, les humains, ne disparaît pas.
De plus, l'infection par le virus artistique représente à la fois une crise et une opportunité pour la communauté.
« De même que les virus peuvent être à la fois un pathogène virulent qui menace l’humanité et une forme d’auto-purification de la nature (sur laquelle les humains se nourrissent), l’art est une force qui parasite et décentre toutes sortes de centrisme — individualisme, communautarisme, anthropocentrisme, etc. (p. 106) »

Les limites de la théorie de Richard Dawkins

Dans son chef-d'œuvre, Le Gène égoïste, le biologiste évolutionniste de renommée mondiale Richard Dawkins définit les humains comme des porteurs de gènes et des machines à survivre, en se basant sur les réalisations éblouissantes de la biologie moléculaire.
À première vue, ce « génécentrisme » semble être une critique de l'anthropocentrisme.
Cependant, Dawkins révèle une contradiction qui semble renvoyer à l'anthropocentrisme lorsqu'il explique la culture comme un gène culturel, un « mème ».


Le terme « mème », que Dawkins a forgé en combinant la racine grecque signifiant imitation (mimesis) et la prononciation anglaise de gène, est une unité de transmission culturelle qui se produit de manière non génétique.
Selon Dawkins, cette culture est un produit de l'imitation, et l'imitation s'effectue par auto-réplication, comme les gènes.


Cependant, la théorie de l'imitation de Dawkins n'est en aucun cas une théorie originale.
Pour les humanistes, il ne s'agit apparemment que d'une simple réinterprétation de la théorie de la mimésis, la plus ancienne théorie expliquant la culture et l'art.
Par exemple, dans le Banquet, Platon évoque deux manières pour les humains de réaliser leur désir d'immortalité : l'une consiste à avoir des enfants par l'amour physique, et l'autre à créer une culture telle que l'art, la philosophie et le droit par l'amour spirituel.
Si l'on remplace ici l'amour de l'âme par des gènes culturels, on constate que cela ne diffère pas beaucoup de la théorie gène/mème de Dawkins.

Dawkins se contredit également lorsqu'il commence à parler de mèmes qui se rebellent contre les gènes, alors même qu'il explique tous les phénomènes de la vie par le biais des gènes.
Par exemple, Dawkins cite la contraception, déclarant que « nous seuls, les humains, sommes capables de nous rebeller contre la tyrannie des réplicateurs égoïstes ».
L'être humain devient un être capable de surmonter à nouveau ses gènes et de transcender la nature.
On ne peut s'empêcher de qualifier cela de nouvelle forme d'anthropocentrisme.


De plus, il est difficile d'expliquer la créativité artistique qui crée quelque chose de nouveau et d'inédit avec la théorie des mèmes qui ne considère que l'imitation et la reproduction comme ses principes de base.
L’explication selon laquelle la créativité est une mutation dans le processus de réplication n’est « pas tant une explication qu’un aveu que l’explication est dans une impasse » (p. 128).


Le scientifique devenu philosophe

Il existe une personne qui est passée du statut de scientifique à celui de philosophe.
Il s'agit d'un cas intéressant où les sciences naturelles et la philosophie se rencontrent à nouveau après un long et sinueux parcours.
Le microbiologiste Carl Richard Woods a été le premier à définir les archées grâce à la classification phylogénétique de l'ARN ribosomique, et le premier à proposer l'« hypothèse du monde à ARN », qui cherche l'origine de la vie dans l'ARN, et c'est lui qui a réécrit la théorie de l'évolution.
Dans ses dernières années, Woods a fait preuve de profondes réflexions philosophiques dans son essai « Une nouvelle biologie pour un nouveau siècle ».


Si Woods reconnaît l'inévitable réductionnisme de la science, qui analyse les phénomènes de la vie en les réduisant à leurs éléments constitutifs, il met en garde contre l'attitude fondamentaliste qui suppose que le monde ainsi expliqué est le seul monde véritable.
Il est honnête quant aux limites de la science.
« La biologie moléculaire pourrait lire les notes écrites sur une partition musicale. »
Mais je n'entendais pas la musique. » C'est l'aveu que, malgré les incroyables progrès de la biologie moléculaire, la vie n'a pas encore été correctement saisie.


Mais Woods a ensuite redéfini le modèle évolutionniste et élargi notre perspective sur la vie.
Jusqu'à présent, la théorie de l'évolution était comprise comme un modèle linéaire basé sur un arbre phylogénétique en forme d'arbre.
Ce modèle suppose un ancêtre commun, mais reconnaît l'indépendance des espèces individuelles.
Par ailleurs, Woods propose un « réseau phylogénétique » basé sur le « transfert horizontal de gènes » des bactéries.
Les bactéries, formes de vie primitives, présentent non seulement un flux vertical de gènes entre parents et descendants, mais aussi la capacité d'échanger des gènes essentiels avec d'autres bactéries. De ce fait, le modèle de l'évolution n'est pas un arbre, mais un réseau (voir figure page 233). Ce changement de perspective correspond au passage du substantialisme au relationnisme en philosophie.


La mémoire microbienne et les secrets de la vie

La « mémoire » n’est pas la propriété exclusive des humains.
La mémoire des oiseaux migrateurs et des poissons retournant au nid est déjà bien connue.
Mais le plus surprenant, c'est que la mémoire fonctionne aussi dans le monde microbien.
Les cellules mémoire du système immunitaire n'oublient jamais les informations relatives aux virus spécifiques qui les ont envahies par le passé.
CRISPR, ces ciseaux génétiques présents chez de nombreuses bactéries, en est un exemple représentatif (pp. 150-1). Il existe également des bactéries qui détectent les caractéristiques et le niveau d'immunité de leur hôte, les mémorisent, et présentent ensuite une pathogénicité différente selon l'hôte.


Les gènes, qui sont l’information de base qui constitue la vie et l’unité d’information génétique héritée des générations précédentes, sont en fin de compte « la somme totale des traces laissées par les changements et le flux de la nature, c’est-à-dire la mémoire » (p. 154).
Environ 10 % des gènes humains modernes sont des gènes viraux qui existent depuis l'Antiquité.
Ainsi, des traces d'une ancienne infection virale persistent dans notre organisme.


Les micro-organismes menacent constamment l'humanité, mais au final, ce sont eux qui la sauvent.
Comme le démontre clairement le monde microscopique du vivant appelé micro-organismes, la vie humaine est intimement liée à tous les autres organismes vivants.
Cependant, la science moderne tente de se déconnecter de la nature en rendant même la vie humaine « artificielle ».
Le transhumanisme, qui célèbre la tentative de remplacer non seulement le corps humain mais aussi l'intellect humain par des objets artificiels, représente ce phénomène.


La biologie s'est longtemps attachée à l'unité du vivant.
Ainsi, à la recherche de la source de la vie, nous sommes descendus au niveau des « cellules », de l'ADN et de l'ARN.
Les auteurs, qui dépassent les limites étroites de la biologie et élargissent le concept de vie d'un point de vue humaniste, considèrent la mémoire (la vérité), la liberté et l'amour comme la trinité de la vie.
Ces concepts sont la source de la dignité de la vie et la source de la dignité humaine.


Le plus important de tous, c'est l'amour.
Car à l'avenir, l'intelligence artificielle sera plus intelligente que les humains et aura plus de liberté, mais elle ne sera pas capable d'incarner pleinement l'amour.
Certains chercheurs citent les pratiques funéraires comme une différence cruciale qui distingue les humains des animaux.
Parce que « seul un être humain aimant peut faire son deuil, et l’expression sociale de ce deuil est l’enterrement » (p. 253).
Comme les auteurs le révèlent dans l'épilogue, ce livre est le fruit d'un effort intellectuel visant à « élever la vie par l'amour et à incarner l'amour dans la vie ».
C’est parce que « le processus évolutif de la vie est l’histoire de l’amour » (p. 260).

Éloges des élèves

« Un choc intellectuel inimaginable. »
« Une conférence riche en contenu original et en idées ingénieuses. »
« Une conférence véritablement “créative” »
« Cela pourrait donner un nouvel élan à une pensée philosophique qui était restée en sommeil. »
« J’ai pu élargir mes horizons et découvrir le monde. »
« L’enseignement de la biologie comme vous ne l’avez jamais imaginé »
« Le simple fait d'associer philosophie et science suffisait à rendre le cours passionnant. »
« C'est le cours le plus complet que j'aie suivi depuis mon arrivée à l'université. »