C'est un monde où le « Plan de complémentarité humaine » a été stoppé par Shinji Ikari...
L'ancienne agence des forces spéciales NERV a été réorganisée en « NERV JPN », et sous le commandement de la commandante en chef Misato Katsuragi, les Enfants de dix-sept ans se préparaient au retour des Apôtres.
Cependant, l'un des « quatre » Ayanami Reis en charge du Réseau d'exploration et d'annihilation des Apôtres de la Terre, No. Katrul, devient soudainement fou furieux.
Shinji, qui a tenté de l'arrêter, est touché par un laser à rayons gamma et disparaît avec la première machine… … .
L'histoire d'un autre possible 'Evangelion', dérivé de l'épisode 24 de l'anime télévisé, est relancée ici après 10 ans.